Z Lekárskej fakulty UK, z Ústavu molekulárnej biomedicíny nám
ponúkli spoluprácu a v prvom kole vypísali niekoľko tém, ktoré
by mohli byť aj časťami bakalárskej práce - o rozsahu a rozpracovaní
jednotlivých tém je možné ďalej diskutovať, ak Vás táto oblasť
zaujíma, určite sa ozvite...
 
Mikroskopicka automaticka kvantifikacia tvorby extracelularnych pasci
neutrofilmi
Aktivovane neutrofily bojuju proti mikroorganizmom roznymi cestami -
jednou z nich je produkcia extracelularnych pasci, ktore obsahuju
viacere antimikrobialne peptidy a enzymy, ktore su udrziavane
pohromade vlaknami DNA. In vitro mozno tuto aktivitu neutrofilov
analyzovat bud mikroskopicky alebo fluorometricky cez kvantifikaciu
extracelularnej DNA. Meranie koncentracie DNA je sice kvantitativne,
ale nemozno z toho usudzovat kolko neutrofilov vytvorilo tieto siete,
kedze obsah DNA v nich je variabilny. Mikroskopicka analyza je zas do
znacnej miery subjektivna a vyhodnocuje len relativne maly pocet
buniek. Automaticke rozlisenie neutrofilov s a bez extracelulrnych
pasci, resp. kvantifikacia samotnych pasci pomocou analyzy obrazov s
malym zvacsenim s pomocou pocitacovej analyzy by pomohlo presnejsie
charakterizovat rozsah tvorby a formy extracelularnych pasci.

Kvantifikacia bakterialnych kolonii na pevnych podach
Rutinna kvantitativna mikrobiologicka analyza si vyzaduje pocitanie
kolonii bakterii na podach s roznymi riedeniami bakterialnych kultur,
resp. tkanivovych homogenatov. Manualne pocitanie je chybove, pomale a
obmedzene na maly pocet kolonii. Existuju komercne riesenia pre
pocitanie kolonii, tie vsak nie su presne, casto nevedia odlisit
blizke kolonie, resp. kolonie roznych tvarov a farieb. Navyse si
vyzaduju predpripravu obrazu, ktora je zdlhava a casto dlhsia ako
samotne manualne pocitanie. Cielom by bolo vytvorit softver, ktory by
identifikoval a kvantifikoval kolonie na beznych fotkach agarovych pod
s rozrastenymi koloniami bakterii.


Kontaktná osoba na našej fakulte, ktorá sprostredukuje komunikáciu:
doc. Milan Ftáčnik, ftacnik@sccg.sk