Témy dizertačných prác pre uchádzačov o doktorandské štúdium pre šk. r. 2007/2008

9.2.1 Informatika

doc. RNDr. Roman Ďurikovič, PhD.

Témy projektu APCOCOS:

Téma: Color mathing problem of industrial paints.
Požiadavky: -Zvládnuť matematickú teóriu dynamicky sa meniacich (napr. rastúcich ) sietí, pochopiť merania mozgu pomocou funkčnej magnetickej rezonancie (fmri) a výpovednú hodnotu fmri dát, porozumieť štruktúre mozgu a šírenie signálov v neurónovej sieti mozgu, motivovanosť, chuť bádať v novej oblasti.
Téma: Návrh zobrazovacích metód trblietivosti na monitoroch, HDR monitoroch, v tlači.
Téma: Návrh analytického BRDF modelu z nameraných hodnôt KONICA spektrofotometrom a z textúr. (Ide o kompresiu množstva nameraných dát do analytickej funkcie dostatočne flexibilnej na reprezentáciu priemyselných meraní)
Téma: Analytický model HDR oblohy a model z reálnych nameraných dát v okolí Bratislavy.

Témy projektu Flood:

Téma: Animation of water and air erosion due to the floods.
Téma: Flood animation and control interface for flood simulator.

Témy projektu VIPER:

Téma: Projekcie obsahu WWW stánok do audio priestoru, metriky popisujúce kvalitu tohto zobrazenia.
Téma: Human computer interaction for shape based animations.

Vyberte si tému podľa projektov problémov čo sa Vám páči (bubbles, growth, reconstruction, deformations, fuid dynamics, simulation of natural phenomena, paint rendering) na http://www.sccg.sk/~durikovic.

doc. RNDr. Milan Ftáčnik, CSc.

Téma: Augmented reality in cultural heritage applications.

doc. RNDr. Mária Markošová, CSc.

Téma: Hľadanie funkčných sietí mozgu (téma je osadená Zuzana Petráková)
Popis: Výskum, ktorý je predmetom dizertačnej práce, sa bude robiť v spolupráci s Dr Susanne Reiterer z Department of Neuroradiology, University of

Tübingen, Germany, Dr. Liz Franz z Department of Psychology, University of Otago, Dunedin, New Zealand a Doc. Beňuškovou z Department of Computer Science University of Otago, Dunedin, New Zealand. Všetci spolupracovníci pracujú v, alebo majú kontakt na skupiny merajúce fmri dáta mozgu. Dizertačná práca je aplikáciou teórie sietí na štúdium mozgu. Cieľom dizertačnej práce je hľadať tzv. funkčné siete mozgu. Sú to siete, ktoré vyjadrujú vzťahy korelácie medzi funkčne prepojenými oblasťami mozgu a zmien tejto korelácie pri plnení rozličných kognitívnych úloh. Pomocou funkčných sietí sa na mozog možno pozerať novým spôsobom, nie ako na sieť neurónov, ale ako na sieť skupín neurónov, ktoré, aj keď nie sú spojené fyzicky, spolupracujú pri vykonávaní kognitívnych úloh. Oblasť výskumu je veľmi aktuálna, prvé výsledky sa objavili len pred niekoľkými rokmi [4]. Ukazujú, že funkčné siete mozgu sú bezškálové siete a sú aj sieťami malého sveta [5,6]. Úlohou dizertanta bude: - spracovať namerané dáta a vytvoriť funkčné siete vznikajúce pri plnení rôznych kognitívnych úloh a funkčné siete mozgu v relaxačnom móde - zistiť a kompletne vyhodnotiť štatistické vlastnosti nájdených sietí - porovnať a interpretovať rozdiely funkčných sietí pre kognitívne úlohy rôznych obťažností (rytmická úloha, počúvanie hudby, opakovanie viet v známom i neznámom jazyku a podobne) - zistiť, či existujú typické rozdiely pre funkčné siete v relaxačnom móde mozgu a pri plnení kognitívnych úloh - postaviť matematický model dynamicky sa meniacej siete, ktorý by simuloval vlastnosti a dynamiku funkčných sietí mozgu - pokúsiť sa pochopiť ako funkčné siete súvisia s reálnou štruktúrou neurónovej siete mozgu - dobré programátorské schopnosti

Literatura:

[1] Watts D. J., Small worlds, Princeton University Press, Princeton (2004) [2] Benuskova, Kasabov, Computational Neurogenetic Modeling, Springer, New York (2007) [3] Dorogovtsev, Mendes, Evolution of Networks, Adv. Phys. 51, 1079 (2002) [4] Chialvo, Critical Brain Networks, Physica A 340 (4) 756 (2004) [5] Eguíluz, Chialvo, Cecchi, Baliki, Apkarian, Scale free brain functional networks, Phys. Rev. Letters 92, 018102 (2005) [6] Markošová, Beňušková, Franz, Topology of brain functional networks: towards the role of genes, vyjde v Proc. of INNS – NNN Symposia, Springer, New York 2009

Požiadavky: Zvládnuť matematickú teóriu dynamicky sa meniacich (napr. rastúcich) sietí, pochopiť merania mozgu pomocou funkčnej magnetickej

rezonancie (fMRI) a výpovednú hodnotu fMRI dát, porozumieť štruktúre mozgu a šírenie signálov v neurónovej sieti mozgu, motivovanosť, chuť bádať v novej oblasti.

Téma: Rozšíriť a optimalizovať zobrazovanie veľkých grafov v NAViGaTOR
Tému zadal Ing. Igor Jurisica PhD., University of Toronto
Popis:
  • Optimalizácia z hľadiska využitia priestoru na obrazovke, z hľadiska rýchlosti zobrazovania,
    a z biologického hľadiska (napr. Rozmiestnenie proteinov podľa anotácie z GO).
  • Reprezentácia hypergrafov
Literatura:

[1] Djebbari, A., Ali, M., Otasek, D., Kotlyar. M., Fortney, K., Wong, S., Hrvojic, A. and Jurisica,
I. NAViGaTOR: Scalable and Interactive Navigation and Analysis of Large Graphs. Network Mathematics, 2011. In press
[2] Viau, C., McGuffin, M J., Chiricota, Y., and Jurisica, I. The FlowVizMenu and parallel scatterplot matrix: Hybrid multidimensional visualizations for network exploration. IEEE Trans Vis Comput Graph, 16(6):1100-8, 2010.
[3] McGuffin, M, and Jurisica, I. Interaction techniques for selecting and manipulating subgraphs in network visualizations. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics (TVCG), 15(6): 937-944, 2009.
[4] Brown, K.R., Otasek, D., Ali, M., McGuffin, M., Xie, W., Devani, B., Van Toch, I. L., Jurisica , I. NAViGaTOR: Network analysis, visualization & graphing Toronto. Bioinformatics, 25(24):3327-9, 2009.
[5] Viaceré články s D. Auber - TopoLayout; C. North – porovnanie automaticky generovných zobrazení s expertami.
[6] http://www.cs.utoronto.ca/navigator

doc. PhDr. Ján Šefránek, CSc.

Téma: Hľadanie, vizualizácia a interpretácia patternov/vzorov v DNA sekvenciách (napr. kompletných genómoch).
Téma: Možnosti systematického vyhľadávania sekundárnych štruktúr ribonukleových kyselín na základe analýzy primárnej štruktúry DNA.
Téma: Tableaux Calculi for Dynamic Logic Programming.
Téma: Prioritized Logic Programming Based on Dependency Framework.